ومع ذلك، فقد شهد عهده توتراً من جانب قيادات مؤسّسات الدولة القديمة، حيث عملت ضد استقراره في الحكم، وأشعلت الأزمات لتحريض الشارع ضدّه، وتعاون معها رجال أعمال النظام السابق ووسائل إعلامهم، كما دعمت بعض الدول العربية والخليجية التمرّد ضد الرئيس المنتخب، وموّلت الاحتجاجات المدبّرة ضدّه، خشية انتقال التغيير والربيع العربي والديمقراطية إلى بلدانهم، كما اعترفوا في تصريحات بعد ذلك، وكشفته دول أخرى في العالم، وهذا ما تم نشره بوقائع ومذكّرات بعد الانقلاب العسكري في 3 يوليو عام 2013، الذي قاده وزير الدفاع آنذاك عبدالفتاح السيسي، بعد مظاهرات اتخذها ذريعة للانقلاب، ونصّب نفسه رئيساً للبلاد، بعد مرحلة انتقالية مزعومة.